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水质监测项目依据水体功能和污染源的类型不同而已、数量繁多，但受人力、物力、经费等条件的限制，不可能也没必要一一监测，而应根据实际情况，选择环境标准中要求控制的危害大、范围广、并已建立可靠分析测定方法的项目。我国环境监测总站提出了68种水环境优先监测污染物黑名单。
一、地表水监测项目
河流
必测项目：水温、pH、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物和粪大肠菌群
选测项目：总有机碳、甲基汞等
集中式饮用水源地
必测项目：水温、pH、溶解氧、悬浮物、高锰酸钾指数、COD、BOD5、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、铁、锰、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物、硫酸盐、氯化物、硝酸盐和粪大肠菌群
选测项目：三氯甲烷、四氯化碳、三溴甲烷、氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、苯乙烯、甲醛、乙醛、丙烯醛、苯、甲苯、乙苯、二甲苯、乐果、敌敌畏、DDT、林丹、黄磷、钼、钴、铍、硼等
湖泊、水库
必测项目：水温、pH、溶解氧、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮、总氮、总磷、铜、锌、氟化物、硒、砷、汞、镉、铬(六价)、铅、氰化物、挥发酚、石油类、阴离子表面活性剂、硫化物和粪大肠菌群
选测项目：总有机碳。甲基汞、硝酸盐等
二、工业废水监测项目
黑色金属矿山
必测项目：悬浮物、pH、重金属
选测项目：硫化物
黑色冶金
必测项目：悬浮物、COD、挥发酚、氰化物、重金属
选测项目：石油类、硫化物、氟化物
选矿药剂
必测项目：悬浮物、COD、硫化物、重金属
选测项目：黄药
有色金属矿山及冶炼
必测项目：悬浮物、COD、pH、氰化物、重金属
选测项目：硫化物、铍
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