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项目期满移交
目前，外界对于BOT项目设施所有权的归属存在重大分歧。以水务项目公司设施产权为例，作为中国第一部针对BOT项目的地方性规章，深圳市人民政府于2008年月发布并实施的《深圳市污水处理厂BOT项目管理办法》第二十五条规定，污水处理厂建设用地由市政府行政划拨给市水务局，在特许经营期内，市水务局交由经营者无偿使用，土地用途不得任意更改。由经营者投资建设的项目土地附着物、建(构)筑物、污水处理设施及设备等产权(所有权)属于市政府，在特许经营期内由市政府无偿给经营者使用，期满后再由经营者无偿移交给市政府或市政府指定的机构。即公有民营，项目公司通过取得行政许可权和政府签署特许经营协议后，获得的是对污水处理行业的专营权。在上述情况下，由于项目公司实质上不拥有设施的所有权，建议明确不适用《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函[2008]828号)，不需视同销售;由于其无形资产的计税基础已在特许经营期限内摊销完毕，也不作税收处理。
与上述公有民营相对应的为民有民营，即项目公司拥有BOT项目设施的所有权。在该种情况下，项目设施转让时可能会涉及相应转让评估价值及流转税、土地增值税等税务处理问题。
综上所述，在项目期满移交时的相关税务的处理主要取决于以下两点：
BOT项目设施的所有权法律归属问题;
假设BOT项目期满设施所有权归属于项目公司，即使摊余价值为零，由于税法更强调公允价值的概念，公允价值与账面摊余价值之间的差异如何处理以及对相关税务处理产生的影响。
这里带出的一个问题是在TOT运营方式下，政府将存量资产所有权有偿转让给社会资本或项目公司以及到期转回，政府平台以及社会资本/项目公司是否分别需就转让的资产缴纳增值税和土地增值税?由于项目资产所有权/经营权通常在运营期末会无偿移交给政府，其实质是社会资本为政府提供融资，并通过政府或者使用者付费实现融资的回收及报酬。虽然额外产生的税负会最终由项目公司通过向政府或者使用者收费来涵盖，但是，经济结果是提高了使用者的使用成本。
期间项目公司股利分配
经营期间涉及股利分配，如果是境内居民企业间分配股利，免征企业所得税;境内居民企业分配股利给自然人股东，需代扣代缴20%个人所得税。
如果项目公司有境外股东，跨境分配股息给境外非居民企业，一般适用10%的预提所得税，如果境外非居民企业与中国间有签订双边税收协定，在符合一定条件下能够适用税收协定安排下的优惠预提所得税税率。
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