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水生态修复目标应该建立在水生态状况评估的基础上。根据生态系统完整性原则，水生态状况的评价是对生态要素的评价，生态要素包括水文、地貌、水体物理化学特征、生物组成与结构4个方面。各生态要素需进一步分解为能够代表生态系统结构与功能的若干生态指标。需要建立水生态参照系统，即生态系统理想状态。根据现场调查监测数据，可以确定生态现状与参照系统的偏离程度，掌握水生态系统整体以及各生态要素的退化程度，明确水生态修复目标。根据水生态修复目标，通过建立的水生态状况分级系统，进一步把规划的生态指标定量化。
无论是河流还是湖泊，确定生态修复目标和指标的原理都是一样的。但是河流与湖泊的自然特征不同，因人类活动影响产生的后果也不同，本节重点讨论河流生态修复目标问题，至于湖泊修复问题将在第7章专门讨论。
5.2.1水生态修复定义
水生态修复的定义是：水生态修复（aquatic ecological restoration）是指在充分发挥生态系统自修复功能的基础上，采取工程和非工程措施，促使水生态系统恢复到较为自然的状态，改善其生态完整性和可持续性的一种生态保护行动（董哲仁，2007）。
如上述，由于我国快速的工业化、城镇化进程以及对于水资源和水能资源的大规模开发，引起水文情势、河湖地貌形态和水质发生了重大变化，导致我国水生态系统发生严重退化，水生态修复已经成为我国重要而紧迫的战略任务（见1.6节）。
水生态修复的目标是促使河湖生态系统恢复到较为自然的状态。这是因为水生态系统的演进是不可逆转的，试图把已经退化的水生态系统完全恢复到原始生态状况是不现实的，而“重新创造”一个新的水生态系统更是不可能的。现实的目标是部分恢复水生态系统的结构、功能和过程，改善生态系统的完整性和可持续性。为实现水生态修复的目标，一方面要采取适度的工程措施进行引导，另一方面，也要充分发挥自然界自修复功能，促进生态系统向健康方向演进。水生态修复采取的策略应是工程措施和非工程措施并重。这里所说的“非工程措施”，包括生态保护立法和执法、流域综合管理以及生态管理等。
5.2.2河流生态系统现状描述和历史对比分析
1 河流生态系统现状描述
河流生态系统现状是指规划现状基准年的河流生态状况，它是河流生态修复规划设计的依据，也是河流生态修复工程的起始状况。这项工作需要规划人员通过勘察、监测和资料收集，对以下8类问题进行描述：①流域社会经济及历史文化背景；②气候、水文特征；③地质、土壤特征；④河流地貌；⑤水质；⑥生物多样性；⑦生物栖息地；⑧工程设施。每一门类包含若干分项。河流现状描述需要的资料见表5-2-1，所列各分项又分别发生在不同尺度范围内。表5-2-1按照流域、河流廊道和河段三种尺度划分并列出不同尺度对应的分项。比如水土流失是在流域尺度内发生的；泥沙输移淤积以及河势变化是在河流廊道尺度内发生的；河流的蜿蜒性特征和深潭-浅滩序列是在河段尺度内显现的。有关河湖调查方法，已经在3.1节做了详细介绍。
2 历史对比分析
历史资料的收集主要集中在以下方面：①水文；②土地利用方式变化及城镇化进程；③水质；④植被格局；⑤生物多样性。
现状与历史状况的对比分析集中在以下几个方面：①土地利用方式的变化，包括城镇化影响；②水坝建设和治河工程影响；③水质变化；④水文情势变化，既包括水量的变化，也包括径流过程的变化；⑤河漫滩植被格局变化；⑥鱼类和水生生物的物种多样性变化；⑦栖息地和生物群落多样性变化。这些变化发生在不同的空间尺度上，其对河流生态系统的影响可能发生在更大的尺度上（表5-2-2）。
河流现状描述以及与历史状况的对比分析，是论证河流生态修复必要性的基础。通过现状与历史状况对比分析，可以识别河流生态系统的演进趋势，回答生态系统总体上是退化还是严重退化抑或基本维持动态平衡这样一些基本问题。如果河流生态系统退化到一定程度，即靠河流本身自修复能力已经无法恢复的情况下，那么河流生态修复就成为必然的选择。
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